Основное разделение сюжета – прохождение Dynasty Warriors 6 за одну из трех противоборствующих фракций, Вэй, Шу и У. Для выбора доступно 35 фракционных персонажа (Лю Бей, Цао Цао, Сунь Цюань и дргуие) и 6 вспомогательных (в их числе легендарные Лу Бу и Дун Чжуо). Во время кампании, кроме главной цели, персонаж получает 3 второстепенных – штурмовать укрепление, разгромить определенное количество отрядов противника, оказать помощь союзным войскам. Ту же локацию можно пройти в свободном режиме, не отвлекаясь на дополнительные миссии.